一九九三年八月二十日，杭州海關(guān)與金華市政府簽訂協(xié)議，金華市政府設(shè)立了海關(guān)籌建辦。一九九五年五月十二日國(guó)務(wù)院正式批準(zhǔn)設(shè)立金華海關(guān)。同年十一月杭州海關(guān)設(shè)立了金華海關(guān)籌備處，十二月三日下午派人進(jìn)駐金華，開(kāi)始海關(guān)籌備工作。經(jīng)過(guò)一段時(shí)間的籌備，經(jīng)海關(guān)總署批準(zhǔn)，于一九九六年九月廿四日開(kāi)關(guān)。一九九七年六月十六日正式對(duì)外開(kāi)辦業(yè)務(wù)。金華海關(guān)關(guān)區(qū)范圍為金華、衢州兩市的全部行政區(qū)域。

　金華海關(guān)為杭州海關(guān)隸屬單位，內(nèi)設(shè)機(jī)構(gòu)：辦公室、綜合業(yè)務(wù)科、監(jiān)管科、加工貿(mào)易監(jiān)管科、調(diào)查科、人教科，下轄金華海關(guān)駐義烏辦事處（副處級(jí)）,業(yè)務(wù)管轄范圍為義烏市、東陽(yáng)市、浦江縣和磐安縣